Analyse différentielle de l'expression génique de patients atteints de paludisme non compliqué par la technique de microarray

Abstract

Les études utilisant la technologie des microarray peuvent fournir un aperçu complet de l'expression génétique des individus malades et sains. Cependant, l'interprétation des données de microarray humain est fréquemment compromise par la variabilité des résultats, les limitations dans la méthodologie de l'étude, ainsi que par l'inadéquation des éléments de contrôle. Pour pallier à ces difficultés dans une étude sur l'expression génétique au cours du paludisme, nous avons prélevé une série de 3 échantillons de sang pour isolation d'ARN et analyse microarray chez des individus ayant une infection symptomatique à Plasmodium falciparum. Le premier échantillon était pris au moment de la consultation initiale du malade (goutte épaisse positive, fièvre ou autres symptômes cliniques). Le deuxième échantillon était pris 3 jours plus tard (après 3 jours de traitement antipalustre). Le troisième et dernier échantillon était prélevé 10 jours après le traitement antipalustre, au moment où le malade est redevenu asymptomatique. Pour éviter les différences interindividuelles les trois échantillons provenaient du même individu. Les contrôles pour la variabilité de l'expérience incluaient l'usage de puces en double à chaque étape de la procédure, et l'élimination de données discordantes entre deux puces pour un même échantillon. L'expression des gènes du cytosquelette (Gene Ontology Classification) a été utilisée comme contrôle interne pour détecter les changements dans l'expression génétique des individus. En utilisant cette stratégie, nous avons examiné des changements dans l'expression génétique des enfants infectés. Les données fournies par les microarrays ont démontrées que le paludisme induisait des augmentations significatives dans l'expression des gènes groupés selon l'ontologie génique (classifications GO). Les gènes concernés étaient impliqués la réponse de défense immunitaire innée, la réponse aux stimulus externes, la réponse au pathogène, la réponse immunitaire adaptative et la réponse au stress (p égal 0,005). Par contre, il n'y a pas eu de changements significatifs dans l'expression des gènes du cytosquelette (p égal 0.38 et 0.62).