Distribution des variants de la vague 5 du SARS-CoV-2 au Mali

Abstract

Introduction La maladie à coronavirus de 2019 (en anglais coronavirus disease 2019) ou COVID-19 est une affection des voies respiratoires supérieures et inférieures causée par un virus de la famille Coronaviridae. A cause de la rapidité de la transmission interhumaine, cette maladie a causé une pandémie dans le monde. L’OMS a nommé, le 11 février, la maladie respiratoire provoquée par le SARS-CoV-2 : le COVID-19. A l’échelle mondiale 775 552 191 cas ont été confirmé par l’OMS le 12 juin 2024 avec 7 050 201 décès en cette même date l’Afrique avait détecté 12 553 199 cas cumulés et un total de 259 265 décès. Selon le ministère de la santé le Mali comptait au total 33 164 cas positif de COVID-19 avec 743 décès en juin 2024. La surveillance génomique a permis de détecter plusieurs variants durant les vagues précédentes. Selon les séquences déposées dans la base de données GISAID il y’a eu des études sur les quatre premières vagues (vague 1, vague2, vague 3 et vague 4) qui ont fourni comme résultat les variants Alpha, Beta, Gamma et Delta. Mais il n’y a pas eu d’étude sur le vague 5 on se référant sur les séquences déposées dans la base de données GISAID d’où la nécessité de réaliser cette étude. Méthodologie Au cours de cette période en utilisant le système de sélection de l’OMS, nous avons pu séquencer 72 échantillons positifs avec un CT< 30. Les échantillons ont été extraits de façon automatique avec l’appareil KingFisher utilisant le KIT QIAGEN. Le KIT ARGENE COVID-19 a servi pour l’amplification sur le LIGTH CYCLER 480. Le séquençage a été réalisé sur Illumina Nextseq 2000 et le MinION MKC1 en utilisant respectivement le kit COVIDseq et Midnigth RT expansion Kit utilisant le protocole ARTIC. Résultats Sur 72 échantillons préparés pour séquençage, 60 échantillons avaient une couverture > 90 donc séquencés avec succès. Le sexe masculin était dominant avec 57%. La tranche d’âge la plus représentée était de 31-45 ans avec 35%. Les entrepreneurs et les commerçants étaient les plus touchés par cette maladie de coronavirus avec une fréquence de 60%. Le mois de février a été le plus représenté avec 40 cas. La ville de Bamako était la plus touchée par le coronavirus durant notre étude. Le variant détecté était Omicron avec ses sous-variants (B.1.1.529 ; BA.2 ; GA.10 ; GA.5 ; GA.8 ; XBB.1 ; XBB.1.17.1 ; XBB.1.22.1.1 ; XBB.1.5 ; XBB.2) dont le plus représenté était XBB.1.17.1 avec une fréquence de 63,3%. Nous avons détecté plusieurs mutations notamment sur la protéine Spike (protéine S) dont la plus fréquente était la mutation G252V impliquée dans la résistance de XBB.1.5 contre les anticorps monoclonaux neutralisants et une augmentation du pouvoir infectieux. Conclusion Cette étude sur la distribution des variants pendant la vague 5 nous a permis de détecter plusieurs mutations notamment sur la région Spike (S) d’où la nécessité de mettre en place une surveillance génomique de routine pour suivre régulièrement l’évolution des variants de SARS CoV-2 afin de mettre en place des mesures de prévention et de contrôle efficaces contre la COVID-19 et des maladies infectieuses émergentes en général.