| dc.description.abstract | Introduction Les techniques de séquençage combinées à la bio-informatique jouent un rôle très important dans la gestion de la pandémie du COVID-19. Ces techniques ont permis de détecter les nouveaux variants et d’assurer la mise en place de meilleures stratégies de luttes. Le Mali a enregistré son premier cas de COVID-19 en mars 2020.Le système de surveillance doit demeurer au fur et à mesure que la pandémie évolue. Une première étude de surveillance génomique de SARS-CoV-2 avait été menée au Mali renfermant seulement les échantillons de la première vague. De nouveaux cas de COVID-19 sont toujours enregistrés partout dans le monde avec de nouveaux variants. Cependant, jusqu’à présent, les capacités locales de séquençage de SARS-CoV-2 sont limitées. De ce fait, les informations sur les variants circulants au Mali durant les premières vagues de la pandémie sont manquantes. C’est dans cette optique que nous nous sommes proposer de mener localement une étude d’épidémiologie génomique de SARS-CoV-2 au Mali dans le but de suivre l’évolution, l’origine géographique et les variants circulants au Mali. Méthodes Nous avons mené une étude retro-prospective dans trois laboratoires (INSP, CICM, UCRC) de Bamako et le laboratoire de Tombouctou. L’étude portait sur tous les individus se présentant dans ces sites dans le cadre de la COVID-19. Les échantillons ont été collectés par prélèvement nasopharyngé et oropharyngés. L’extraction de l’ARN a été effectuée par le kit Qiagen. Les extraits ayant une concentration en ARN total entre 100 et 200ng dans un volume de 10μl ont été inclus pour la préparation de la librairie suivant un protocole modifié du kit TruSeq d’Illumina). Nous avons été contraints d’apporter des modifications au protocole à cause de la difficulté d’accès aux réactifs et matériels durant la pandémie. Au début de l’étude nous avons utilisé un support magnétique utilisé pour la séparation de Plasmodium en culture cellulaire pour toutes les étapes de purification avec les billes. A défaut de réactifs pour l’appareil Bioanalyzer 2100 Agilent nous avons utilisé un gel d’agarose pour mesurer la taille des fragments. Les librairies ont été normalisés et séquencées sur le MiSeq d’Illumina. Les données de séquences ont été analysés sur le server de DELGEME à l’aide des outils bioinformatiques. Résultats Selon nos critères nous avons sélectionné cinquante-cinq volontaires, quarante-un (41) échantillons lancés pour séquençage sur MiSeq et obtenir vingt-neuf (29) comme séquences de bonne qualité (assemblées par rapport à la référence). Ensuite nous avons téléchargé vingt-une séquences maliennes déposées sur GISAID plus la référence. Au total, nous avons eu une taille de cinquante séquences (50). Sur l’ensemble des séquences obtenues, nous avons observé un total de sept-cent quarante-cinq (745) polymorphismes avec six-cent vingt-quatre (624) polymorphismes chez les échantillons séquencés au Mali durant notre étude, tous étaient dominés par les SNP. Avec les échantillons téléchargés sur GISAID nous avons détecté huit (8) variants ((A, A.1, A.21, A.27, B, B.1, B.1.525, B.39) de SARS-CoV-2 circulant au Mali avec un seul ayant pour origine possible le Mali ou le Burkina-Faso. Les autres variants détectés étaient tous des cas introduits dans notre pays. Le variant Eta (B1.525) est un variant sous surveillance. Nous avons évalué la prévalence des mutations notables non spécifiques dans les variants préoccupants et au vu de ces résultats, nous avons observé que nos échantillons portaient en commun en terme de mutations notables non spécifiques plus de 60% avec les variants Alpha, Beta et Gamma et 25% en commun avec le variant delta. Conclusion Dans notre étude nous avons détectés sept (7) variants de SARS CoV 2 circulants au Mali. Ces variants sont classés par l’OMS parmi les variants à suivre et les variants en cours d’évaluation. Cependant, nous devons pérenniser la surveillance génomique pour détecter à temps de nouveaux variants plus contagieux | |
