Distribution des variants du SARS-COV 2 pendant les deux premières vagues de la pandémie de Covid-19 au Mali.
Résumé
Introduction : Le nouveau coronavirus, SARS-COV 2, découvert en Chine fin Décembre 2019 a causé une pandémie qui a déclenché une urgence de santé publique de portée internationale. Le but de cette étude était de décrire la distribution des variants de SARS-COV 2 pendant les deux premières vagues de la pandémie au Mali. Méthodologie : Nous avons mené une étude descriptive chez des cas de Covid-19 positifs par RT-PCR et provenant des districts sanitaires des deux premières vagues de la pandémie (Mars 2020-Février 2021). Les échantillons éligibles ont été soumis à un séquençage du génome entier avec le Midnight RT expansion kit utilisant le MinIon. Les séquences générées ont été analysées sur Epi2me et Next clade pour la détermination des variants. Résultats : Sur 32 échantillons éligibles séquencés, le sexe masculin était le plus représenté avec 75% et la tranche d’âge 41-50ans était la plus retrouvée. Parmi les 32 échantillons, 19 ont été partiellement séquencés et 13 avaient une couverture supérieure à 90%. Six 6 variants de SARS-COV 2 ont été détectés notamment A, A.18, A.23.1, A.27, B.1 et B.1.1. Le variant B.1 était prédominant et circulait essentiellement dans les régions de Bamako (66,6%), Kidal (16,7%), Tombouctou (16,7%). Le variant A avec un taux de détection de 23,9% circulait dans les régions de Bamako, Gao et Kayes. Conclusion : Ces résultats montrent que dès les premiers instants de la pandémie on a assisté à une dissémination des variants de l’épicentre vers les autres régions du pays.