Identification des souches d’Escherichia coli en rapport avec la malnutrition dans les selles à Dioro
Résumé
Les souches d’E. coli ayant acquis des facteurs de virulence constituent les souches pathogènes et sont regroupées en pathovars. Les pathovars EAEC, EHEC, EIEC, EPEC, ETEC sont regroupés sous le nom des E. coli diarrheagéniques. Notre étude réalisée au laboratoire de biologie moléculaire appliquée (LBMA) à Bamako a porté sur 50 enfants suivis durant 6 mois et sur un total de 269 échantillons de selles avait pour objectif de mettre en place un système d’identification de ces 5 pathotypes à partir des selles et d’établir un lien avec la malnutrition. Cette démarche a été réalisée d’une part selon les caractères morphologiques et biochimiques et d’autre part selon les caractères moléculaires. Un total de 323 échantillons de selles non diarrhéiques et 30 échantillons de selles diarrhéiques a été recueilli au cours de l’étude. Ces échantillons ont été ensemencés sur les géloses Mac Conkey et Hektoen pour l’isolement d’E. coli. et soumis à une série de tests biochimiques pour l’identification d’E. coli. L’ADN des colonies pures identifiées comme des souches d’E. coli a été extrait par choc thermique et les colonies pures ont été conservées dans un bouillon nutritif et gardées à -80 o C. Les résultats de la PCR multiplexe ont permis d’affirmer la présence de 7 pathovars d’E. coli dans les échantillons de selles diarrhéiques et 43 pathovars dans les échantillons de selles non diarrhéiques. Ce qui nous fait un total de 50 pathovars isolées. Les données anthropométriques ont permis de déterminer les z-scores poids/taille en utilisant la table poids/taille de l’OMS. L’analyse de ces paramètres montre que 15 enfants ont été malnutris au cours de l’étude. La fréquence des épisodes de diarrhée a été plus élevée chez les enfants malnutris. La prévalence des souches d’E. coli a été plus élevée dans les selles diarrhéiques et les souches pathogènes d’Escherichia coli ont été présentes chez la plupart des enfants qui ont été malnutris durant l’étude. La malnutrition peut entrainer un affaiblissement du système immunitaire rendant les enfants vulnérables aux infections. La consommation du son de riz par les enfants pourrait être un moyen efficace dans la prévention de la diarrhée et de la malnutrition.