Distribution des variants de SARS-CoV-2 au Mali sur la période d’octobre 2021 à janvier 2022

Abstract

INTRODUCTION L'éruption mondiale du COVID-19, s'est complexifiée avec l'émergence de variants du virus. Il a évolué, introduisant des variations qui ont façonné le cours de la pandémie. Vu la rareté de données sur les variants au Mali et donnés sociodémographiques d’où l’intérêt de notre étude. C’est dans ce contexte que l’objectif général est de déterminer la distribution des variants de SARS-CoV-2 au Mali entre octobre 2021 à janvier 2022. METHODOLOGIE Au cours de cette période en utilisant le système de sélection de l’OMS, nous avons pu séquencé 84 échantillons positifs avec un CT≤27. Les échantillons ont été extraits avec le KIT QIAGEN. Le KIT ARGENE COVID-19 a servi pour l’amplification sur le LIGTH CYCLER 480. Le séquençage a été réalisé sur Illumina Nextseq 2000 et le MinION MKC1 on utiliser respectivement le kit COVIDseq et Midnigth RT expansion Kit utilisant le protocole ARTIC RESULTATS Sur 84 échantillons qui au moment des prélèvements 59 personnes étaient asymptomatiques et 13 personnes présentaient de la toux. Le sexe masculin était dominant avec 64,3%. La tranche d’âge la plus représentée était de 31-40 ans avec 33,30%. Les agents de bureau avaient le pourcentage de présence le plus élevés avec 26,20%. 43 échantillons avaient une couverture de la région S supérieure à 90 dont 37 ont utilisé la plateforme Illumina Nextseq 2000 et 6 le MinION MKC1 pour le séquençage. Le mois de Décembre a été le plus représenté avec 23 cas, suivie du mois de janvier avec 13 cas. La région de Koulikoro était le plus représenté dans l’étude. Parmi les clades observées le BA.1.1 dominaient avec 23,3% suivie du AY.133 avec 18,6%, les variants en circulations étaient DELTA (27,40%) ; OMICRON (20,20%) ;19A, B1 et ETA chacun avec (1,20%). CONCLUSION Ces résultats soulignent l'importance de surveiller attentivement la propagation des variants, en particulier Delta et Omicron, tout en mettant en évidence des facteurs démographiques et professionnels qui pourraient influencer la prévalence de la maladie.