Contribution des Variants Omicron et Delta a la Baisse de la Morbidite et Mortalite de la COVID-19 au Mali
Résumé
Cette étude descriptive et analytique a été menée au Mali entre juillet 2021 et mai 2023 afin de suivre l’évolution des variants du SARS-CoV-2 et d’évaluer leur impact sur la dynamique épidémiologique et clinique de la COVID-19. Des échantillons d’écouvillons oropharyngés et nasopharyngés provenant de patients testés positifs ont été collectés à Bamako ainsi que sur les sites miniers de Komana, Syama, Loulo et Morila. Ces échantillons, confirmés positifs au SARS-CoV-2, ont été génotypés par qRT-PCR à l’aide du kit TIB MOLBIOL Omicron-Delta ModularDx pour identifier les variants circulants. Les données moléculaires ont été croisées avec les données nationales d’incidence et de mortalité issues du site Worldometer. L’analyse a révélé une prédominance du variant Omicron (48,8 %), suivi du variant Delta (15,7 %) et de 35,5 % d’échantillons classés comme « autres variants ». L’évolution temporelle de l’incidence a montré quatre vagues majeures de COVID-19 au Mali. La plus importante a eu lieu entre décembre 2021 et février 2022, avec une incidence journalière atteignant 1 200 cas, principalement associée à la circulation d’Omicron. À partir d’octobre 2022, l’incidence est tombée sous les 30 cas/jour, avant d’atteindre des valeurs nulles pendant plusieurs jours consécutifs. Sur le plan de la mortalité, quatre vagues ont également été observées, la plus marquée s’étant produite entre décembre 2020 et janvier 2021, avec un maximum de 11 décès par jour. La dernière vague de décès, entre décembre 2021 et janvier 2022, coïncidait avec la transition entre les variants Delta et Omicron. À partir du pic Omicron, le nombre de décès a significativement diminué et s’est stabilisé à des niveaux très bas. Cliniquement, les symptômes observés étaient globalement bénins, avec des variations selon les variants. Le rhume était le symptôme le plus fréquent chez les cas Delta (55,7 %) et Omicron (53,5 %), suivi de la toux (46,5 % chez Omicron). Les courbatures (17,5 %) et les céphalées (9,3 %) étaient plus fréquentes chez les patients infectés par Omicron que par Delta ou les autres variants. En revanche, les signes de gravité tels que la fièvre et la dyspnée étaient rares et peu discriminants entre les variants Omicron et Delta. La période post-Omicron semblait marquée par la circulation de souches différentes ne présentant ni la délétion 157/158 ni l’insertion 214EPE au niveau du gène Spike, suggérant la circulation d’autres variants.